Bei der Verteilung der Mittel ist die Nationalstiftung der Empfehlung des Forschungsrats (RFT) gefolgt. Die Forschungsförderungsgesellschaft FFG erhält 27,5 Mio. Euro, der Wissenschaftsfonds FWF bekommt 19,4 Mio. Euro. Schwerpunktmäßig sollen die beiden Agenturen laut RFT-Empfehlung damit ihre Programme an der Grenze zwischen Grundlagen- und angewandter Forschung dotieren, die FFG zudem ihr Headquarter-Programm.
Bei den Forschungsträger-Organisationen bekommt die Österreichische Akademie der Wissenschaften 13,8 Mio. Euro, die Ludwig-Boltzmann-Gesellschaft (LBG) 4,8 Mio. Euro und die Christian-Doppler-Gesellschaft (CDG) 4,5 Mio. Euro.
Die Nationalstiftung war 2003 gegründet worden, um insbesondere “langfristig verwertbare interdisziplinäre Forschungsmaßnahmen” zu fördern. Dafür sollten nach dem Willen der damaligen Regierung jährlich 125 Mio. Euro ausgeschüttet werden, wobei 75 Mio. Euro von der Oesterreichischen Nationalbank (OeNB) und 50 Mio. Euro aus dem ERP-Fonds kommen sollten – und zwar aus Zinserträgen der beiden Einrichtungen. Diese Summen wurden in den ersten Jahren auch tatsächlich erreicht, doch seit 2007 hat die Zinsentwicklung diesen Vorgaben einen Strich durch die Rechnung gemacht. 2009 wurde mit knapp 37 Mio. Euro der Tiefststand der Zuwendungen erreicht, im zu Ende gehenden Jahr 2010 kamen insgesamt 74,6 Mio. Euro aus der Stiftung.
Der Forschungsrat weist in seiner Empfehlung über die Verwendung der Mittel auf die “besondere Bedeutung” der Nationalstiftung in Zeiten von angespannten öffentlichen Budgets hin, sowie auf “die Notwendigkeit des Finanzmittelvolumens von 125 Mio. Euro, welches bei der Etablierung der Stiftung ursprünglich intendiert war”.
Seit 2004 hat die Stiftung laut Moser insgesamt rund 740 Mio. Euro ausgeschüttet.
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